Землі, на яких виникло село, були даровані чигиринському підстарості Михайлу Хмельницькому (батьку Богдана Хмельницького) на зламі ХVІ—ХVІІ ст. Хоча за археологічними джерела населення мешкало тут з неолітичного періоду. В селі та на його околицях знайдено багато археологічних пам’яток: багатошарове поселення неоліту — ранніх слов’ян, два поселення і одне городище чорноліської культури, два поселення скіфського часу, курганний могильник «Три брати», могильник зарубинецької культури, посад пізньосередньовічного Суботова та ін.

В історичних джерелах знаходимо: «… Він посів тут Суботівську слободу… і почав був досить розживатись». Тут пройшли дитячі роки майбутнього гетьмана України. У невдалому для польського війська бою з турками і татарами під Цецерою у 1620 р. М. Хмельницький загинув, а його син, Богдан, потрапив в полон. Повернувшись через два роки, Б. Хмельницький оселяється в Суботові і починає розвивати господарство, яке залишилося від батька.
Про період 1622—1645 років відомості досить скупі.

З початком Визвольної війни у 1648 році статус Суботова зазнає значних змін: він стає приміською резиденцією гетьмана України Б. Хмельницького. Тут на стародавньому городищі було споруджено невелику фортецю, а в ній — житлові, господарські та інші будівлі гетьманського двору. Тут проживала родина гетьмана, а також челядь й козацька старшина.  У 1651—1653 роках Богдан Хмельницький своїм коштом будує поруч із замчищем Іллінську церкву і заповідає поховати себе в її стінах.

 Укріплення Суботова та його околиць у ХVІІ ст. за місцем розташування розділяють ся на три групи: центральна — оборонні споруди замку та Іллінська церква; південна — Вовчий шпиль — спостережний пункт; укріплення для захисту з боку заплави Тясмину — хутори на пагорбах, що здійснювали додатковий контроль над Суботівським шляхом. Окремо виділялись підземні ходи, що виконували роль шляхів сполучення між укріпленнями. Центром був замок площею у 2 га, який розташовувався на мису з крутими схилами, мав оточуючий рів, два яруси валів із ескарпованими схилами, три дерев’яні та одну кам’яну вежі. Археологічні дослідження свідчать про два етапи в
будівництві замку, хронологічні рамки яких визначаються життям та діяльністю Михайла та Богдана Хмельницьких. Перший — кінець ХVІ ст. — 1620 р., коли Суботів був власністю М. Хмельницького, який закладає фундаменти замкових укріплень. Другий —1622—1657 роки, коли Б. Хмельницький продовжує спорудження укріплень, використовуючи свої знання в галузі фортифікації, яких він набув у Франції. Початок 1650-х років приносить якісні зміни в архітектуру замку: споруджуються будівлі із каменю та цегли. Це — будинок гетьмана, оборонна вежа, Іллінська церква. Вони повинні були викликати у іноземних гостей і послів повагу до господаря — гетьмана України, а відтак — до всієї держави. Посередині замчища стояв величний кам’яний палац.Руїни замку зберігалися ще до 1830 р. і були замальовані у 1826 році художником Сплетсером. У 1830 році залишки замку були розібрані на будівництво Медведівського монастиря.

У 1664 р. Суботів було захоплено і зруйновано польсько-шляхетським військом С. Чарнецького. За Андрусівським перемир’ям 1667 р. Суботів у складі Правобережної України відійшов до шляхетської Польщі. А після включення у 1793 р. Правобережної України до складу Російської імперії, Суботів став звичайним селом Київської губернії.

В Суботові двічі — 1843 та 1945 роках — побував Т.Г. Шевченко, який неодноразово згадував село у своїх творах (містерія «Великий льох», поезії «Стоїть у селі Суботові», «Заступила чорна хмара» та ін.). Тут він виконує свої малюнки: «Богданові руїни в Суботові», «Богданова церква в Суботові», «Кам’яні хрести в Суботові», «Будинок Хмельницьких в Суботові» (останній не зберігся).

Сьогодні, відвідавши замчище Богдана Хмельницького, ви побачите кам’яні фундаменти оборонної вежі, над якими будується захисний павільйон з розміщенням у ньому експозиції знахідок, що були зроблені археологами під час попередніх розкопок. У 2006 році відновилися археологічні дослідження на замчищі Богдана Хмельницького. Вони, без сумніву, дадуть нові цікаві знахідки і майбутні туристи зможуть ознайомитися з ними під час подорожі за «Золотою підковою Черкащини».

Важливими в історії Суботова є Іллінська та Михайлівська церкви.

Джерело: Т.М. Нераденко. Золота підкова Черкащини. Туристсько-краєзнавча подорож Черкащиною для учнівської молоді України. - Черкаси: "Брама-Україна". - 2006. - 106 с.