Церква була збудована у 1653 (за іншими даними - у 1656) за наказом гетьмана Б. Хмельницького як родова церква-усипальниця.

Історія Іллінської церкви, як і всього Суботова, нерозривно пов'язана з гетьманом Богданом Хмельницьким.

Суботів був родовим маєтком Хмельницьких. Тут Хмельницький провів велику частину свого життя, і саме тут, фактично, було народжене козацьке повстання, яке пізніше кваліфікують як визвільна війна українського народу.
Коли у 1657 Хмельницький помер, його поховали у Іллінській церкві праворуч від вівтаря.
Археологічні дослідження 1970-их показали, що ані труни, ані тіла Хмельницького на місці поховання вже немає, а грунт був неодноразово перекопаний. Існують дві версії про зникнення тіла Хмельницького. Згідно Чернігівського літопису XVIII ст., тіло Хмельницького було викинуте з домовини у 1664 за наказом Чарнецького, обозного коронного польського війська. Існує також легенда, що до захвату поляками Чигирина у 1664 тіло Хмельницького було таємно перепоховано. 

Архітектура Іллінської церкви

У 1869 поруч із церквою збудована дзвіниця і галерея, яка з'єднувала її з церквою.

З приходом радянської влади, в церкві влаштували клуб, пізніше використовували як склад.

Після ІІ світової війни в церкві відкрили музей Богдана Хмельницького.
У 1954 за проетом архітектора І. Шмульсона в церкві встановлено символічний гранітний надгробок Б. Хмельницькому.

У 1978 архітектором С. Кілессо була завершена реставрація, під час якої була розібрана галерея між церквою і дзвіницею, церква відновлена у первісних формах.

З 1990 церква повернута релігійній громаді.

У 1990-их іконостас було відновлено на основі фотографії 1888 (проект С. Кілессо, різьблення під керівництвом І. Фізера).

У 1995 полив'яну черепицю на даху замінено на червону листову мідь.

Малюнок П. Сплестера, гравіювання О. Осипова, 1826.

П'ятибанева структура із складним завершенням на даху церкви вважається домислом автора малюнка.

Гравюра невідомого художника, 1830.

В Суботові створено музей- заповідник, справжня перлиною якого є  автентична українська хата. Звичайна садиба місцевого селянина перетворилась на етнографічний музей, всі експонати якого мають місцеве походження. В одній половині хати зібрані вироби місцевих гончарів. Це стародавнє місцеве ремесло. Прості, якісні і гарні вироби користувались попитом і в сусідніх селах.

Особливі відчуття охоплюють, коли бачиш козацькі хрести на Іллінському цвинтарі. 

Всі вони виготовлені з місцевого пісковику та мають незвичну архаїчну форму.

В них загадково поєднуються елементи козацької, дохристиянської та навіть кельтської культур.

Замчище Б. Хмельницького площею біля 2 га.

Археологами досліджена лише невелика його частина.

Над знайденими кам’яними підмурками оборонної вежі споруджений павільйон.

Спрага приведе вас до відомої пам’ятки – трьох криниць. Чигиринщина багата на джерела, ріки та ставки.

Одне з джерел пов’язане з іменем гетьмана Богдана. В глибокому яру, яким тече річка Суботівка, дзюрчить джерело. Свого часу люди поставили на ньому дві криниці.

Кажуть,  повертався Богдан з козаками до рідної оселі. Вирішили напоїти коней, а води на всіх  не вистачило. Тоді Хмельницький наказав викопати ще й третю криницю.

А інша легенда розповідає про те, що криниці викопали за наказом великого Гетьмана в пам'ять про загиблих козаках.

Подейкують, що вода у криниці цілюща, і в козацькі часи десь поблизу був шпиталь.

В 1954 році всередині Іллінської церкви був встановлений пам`ятний камінь на місці ймовірної могили Б.Хмельницького.

В тій же церкві був похований син Хмельницького – Тиміш, що помер від ран отриманих під час походу в Молдову